由於教統局在眾多標書中，選擇了明光社作為一個中小學教師人權課程的承辦機構，惹來一些同志團體強烈抗議，而一些支持人權的組織和部份教育團體的負責人認為本社是保守的宗教團體，對同性戀者有偏見，甚至指控本社歧視同性戀者和違反人權，因此認為本社沒有資格統籌一個有關人權的課程。